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利用公共ChIP-seq数据看TF位点和组蛋白修饰

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Czh3 发表于 2016-1-11 20:37:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
北京大学生物信息平台
张超
(转载请注明作者)

最近经常遇到做生物实验的同学,关注某个转录因子,想从公共数据中得到此转录因子的下游作用基因。针对此类问题,我总结一下如何从公共的ChIP-seq数据中找出自己需要的信息。

我觉的有四个网站值得去看看:
1. UCSC genome browser

2. Encode Project

3. Roadmap Project

4. GEO datasets

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1.如果你有一个gene,想要从公共数据中得到哪些gene可能参与到调控此gene,我推荐用UCSC genome browser。
举例:比如需要得到哪些gene可能调控TP53,我推荐选择UCSC genome browser中regulation => TFBS Conserved 这个track。这个会给出在TP53周围保守的TF binding sites。

TFBS

TFBS


这个就可以明显的看到GFI1,E2F, SOX5等TFs,会在TP53周围有binding。

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2.如果要看某一个cell line中,特定TF或者histone marker的情况,我推荐使用Encode,当然UCSC genome browser也集成了Encode,所以在browser上也能选择出你需要的track,但是browser对于单个基因比较好用,如果想看整个基因组的情况,还是用Encode给的表格数据比较好。
举例:比如我需要看GM12878这个cell line的H3K9me3的修饰,可以去https://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixHuman.html查询需要的数据。

Encode

Encode
这里有很多cell line的各种转录调控的数据,根据我们的需求,选择GM12878行,ChIP-seq列。点进去可以选择download H3K9me3(注意第三列为peaks)
h3k9me3.png
下载下来就是GM12878 H3K9me3的修饰区域。

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3. Roadmap项目也是测了很多人组织细胞的ChIP-seq数据,如果想看组织的细胞的表观修饰、RNA-seq,可以在这里找到数据:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/roadmap/epigenomics/?view=matrix

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4. GEO里面有各种各样的细胞类型的数据,各种处理过的细胞的测序数据,发表的文章中做过的表达调控数据,都可能在此找到。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 。这里面不单单有测序的原始数据,还会有分析好的数据,比如ChIP-seq已经call 出了peaks,就可以直接下载peaks的数据就行。


roadmap.png
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