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生物通路分析软件和方法

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licheng 发表于 2016-1-8 21:50:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
附件Ramanan 2012是一篇综述。

WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit,类似DAVID的做GO和通路富集分析网站:
http://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/

【Cheng Li on Sep 27 ’13】
DAVID网站可以分析一个基因列表中的gene ontology富集:http://david.abcc.ncifcrf.gov/

GSEA是另外一个功能富集常用的分析方法:http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
R包:http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/html/GSEABase.html

也可以找一下Bioconductor的软件包可以做类似DAVID的分析,这样很多基因列表的分析可以自动流程化,比如这些链接和附件的Gentleman 2013 Basic GO usage.pdf:
http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/html/topGO.html
http://www.bioconductor.org/packages/2.13/data/annotation/html/GO.db.html


Gentleman 2013 Basic GO usage.pdf

106.63 KB, 下载次数: 707

Ramanan 2012 - Pathway analysis of genomics data.pdf

424.02 KB, 下载次数: 579

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 楼主| licheng 发表于 2016-4-12 10:58:17 | 显示全部楼层
发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标  题: Re: protein categorization (gene ontology (GO) analysis
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr  6 18:11:17 2016, 美东)

推荐手边看过的两篇文献,有点老,但挺好:
1. Use and misuse of the gene ontology annotations
2. Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding
challenges

如果只是简单做做,你的gene ID又可以被Gene Ontology Consortium网站默认识别,
直接到
http://geneontology.org/

复制粘贴,选好species,submit就好了。
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