北京大学生物信息平台论坛

 找回密码
 立即注册
搜索
热搜: 通知 活动

基于SNP的Sanger测序鉴定

[复制链接]
hec 发表于 2016-1-6 14:53:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hec 于 2016-4-5 13:26 编辑

1,将snp position 输入
http://genepipe.ncgm.sinica.edu.tw/primerz/beginDesign.do网站,如果没有符合预期的引物,则在ucsc genome browser中下载该位点附近的序列,在Vector NTI中看samtools得到的该位点起始序列位置,在primer premiere 5中限定引物区间
2,挑选primer-blast通过的引物合成
3,用20ul体系PCR,将PCR产物送测序
4,用samtools tview *bam ucsc.hg19.fasta,浏览特定位点的序列,复制snp附近的序列,在chromas中搜索打开的chromatogram文件查看对应位点突变情况



回复

使用道具 举报

Czh3 发表于 2016-1-6 18:19:12 | 显示全部楼层
这个是基于sanger的SNV突变验证方法?
回复 支持 反对

使用道具 举报

 楼主| hec 发表于 2016-1-6 20:13:44 | 显示全部楼层
Czh3 发表于 2016-1-6 18:19
这个是基于sanger的SNV突变验证方法?

嗯嗯。短的INDEL也可以看。

回复 支持 反对

使用道具 举报

北京大学生物信息平台论坛

GMT+8, 2017-11-20 00:07 , Processed in 0.086162 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表