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通过 Aspera 高速下载GEO测序数据

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licheng 发表于 2016-1-2 16:44:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
【李程实验室  刘一方,2015.5】
比如下载 GSE35156 的数据

在页面底部找到 SRA 编号

然后用 Aspera 下载
ascp -i /home/liuyf/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -QT -l640M anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP010/SRP010370/ .

下载速度(大概半个小时150G 数据,平均68MB/s)
Completed: 150620418K bytes transferred in 2183 seconds
(565063K bits/sec), in 37 files, 38 directories.


Screen Shot 2015-05-04 at 09.53.13.png
Screen Shot 2015-05-04 at 09.55.19.png
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zbxvr2c 发表于 2016-1-2 17:46:11 来自手机 | 显示全部楼层
补充一下,密钥有的地方用.openssh那个,有的用.putty
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