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生物通路图片和数据库

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licheng 发表于 2015-12-26 22:26:18 来自手机 | 显示全部楼层 |阅读模式
【Cheng,2014.3】
下面这个信号通路图来自Wikipedia(http://en.wikipedia.org/wiki/Signal_transduction)。大家可以经常看一下,熟悉这些基因和通路,这样对课题中分析得到的基因会更敏感一些。比如一组基因和生物问题有多相关,它们结合已知的生物通路能产生什么新的生物假说?

Signal_transduction_pathways.svg.png
附件是信号通路建模的文献。

【Cheng ,2011.7.21】
biology skills: signal transduction pathways

You may hang this signal transduction pathway figure over your desk.

If you memorize the nodes and links well, you could talk to cancer biologists like friends , and see deeper connections in your gene lists.

生物通路网站:https://www.qiagen.com/geneglobe/pathways.aspx

http://www.biocarta.com/genes/index.asp

http://www.sabiosciences.com/pathwaycentral.php

http://www.cellsignal.com/

http://www.wikipathways.org/index.php/Special:BrowsePathwaysPage

Signal_transduction_pathways.png

kestler et al. - 2008 - network modeling of signal transduction establishing the.pdf

402.64 KB, 下载次数: 331

kirouac et al. - 2012 - creating and analyzing pathway and protein interaction c.pdf

2.85 MB, 下载次数: 59

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wangjunyi2008 发表于 2016-1-8 15:02:37 | 显示全部楼层
这些和老牌的KEGG、GO相比怎么样?
qiagen好像有点印象,做过药物遗传学的商用数据库
然而没钱……
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 楼主| licheng 发表于 2016-1-8 20:30:40 | 显示全部楼层
KEGG和GO可以做富集分析,有R软件包或专门软件(如GeneMAPP)可以把基因表达量映射到通路图中,或者做通路基因和一个基因列表之间的富集分析。

主帖中的网站更多是图画知识,帮助理解生物网络或依据它们手动画图,如TCGA文章中把变异的基因之间的调控的关系和变异频率画成图。
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