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使用基因和蛋白的组织表达谱数据过滤功能基因

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licheng 发表于 2015-12-26 10:23:41 来自手机 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用公共表达谱数据的一个简单方法是问自己的基因是否在某一种组织或细胞类型中表达。比如遗传关联分析得到的家系致病基因,如果在发病的细胞类型中表达,它的表达变化或蛋白结构变化可能导致疾病的可能性就加大了。反之,如果不知道这个基因在哪种组织或细胞类型里致病,它表达量高的组织或细胞类型是首选嫌疑。下面这些数据库主要方便生物学家查询,但也可能批量下载数据用到课题分析中。

人类蛋白图谱
Human Protein Atlas
http://www.proteinatlas.org/tissue
- 44种组织、83种细胞类型的基于抗体的免疫组化图像,包含16333个有抗体的基因(基因组83%)
- 32种正常组织的基因表达RNA-seq数据

基因表达图谱
Expression Atlas
http://www.ebi.ac.uk/gxa/about.html
- 收集、重分析ArrayExpress数据库中的RNA-seq数据,提供动物和植物的组织特异的基因表达信息,以及差异表达信息

BioGPS
http://biogps.org/?full#goto=welcome
- 非常早的对人和小鼠不同组织做基因表达谱的数据库,现在提供了网上和手机查询界面
- 参考文献 http://bmcgenomics.biomedcentral ... 86/1471-2164-14-632



From: Cheng Li
Date: Thu, Mar 10, 2011 at 5:01 PM
Subject: GeneCards
To: Cheng_Li_Lab

GeneCards is a very good web resource for checking human gene functions:
http://www.genecards.org

In particular, it has a section on in what tissues or cancer types a gene is expressed:
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SLC45A1&search=SLC45A1#exp_annot

E.g. if I am searching a gene for hearing loss through linkage analysis, I would confirm gene candidate's role by its expression in brain (ear) and its location as an integral membrane protein.

Mehmet can also get inspiration from such plots.

Cheng

Par: it recognizes affy probe identifiers too.

kelvin <kelvinfu.tju>: This database integrate many databases, such as Entrez, NCBI, UniProt. It provided much useful information of a gene, such as Gene function, Protein domains/ Families, Pathways & Interactions, Drugs & Chemical Compounds, Transcripts, Expression, Orthologs, Genomic Variants ( SNP ), Disorders & Mutations.



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