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bedtools intersect 常用参数示例

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shiq 发表于 2018-1-8 15:23:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
转自【intersectBed】染色体位置overlap的计算--bedtools应用
http://blog.sina.com.cn/s/blog_dc0ffe940102v5kg.html

intersect函数:
Usage:
                   bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam] -b
(or):
                   intersectBed [OPTIONS] [-a|-abam] -b

案例一:包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。分别来自于不同文件的染色体位置的交集是什么?
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed
chr1 15 20

案例二:包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。求A文件中哪些染色体位置是与文件B中的染色体位置有overlap.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa
chr1 10 20

案例三:包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。求A文件中染色体位置与文件B中染色体位置的交集,以及对应的文件B中的染色体位置.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wb
  chr1 15 20 chr1 15 25

案例四(经用): 包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。求对于A文件的染色体位置是否与文件B中的染色体位置有交集。如果有交集,分别输入A文件的染色体位置和B文件的染色体位置;如果没有交集,输入A文件的染色体位置并以'. -1 -1'补齐文件。
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -loj
chr1 10 20 chr1 15 25
chr1 30 40 . -1 -1

案例五:  包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置,如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置,以及overlap的长度.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 20
chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wo
chr1 10 20 chr1 15 20 5
chr1 10 20 chr1 18 25 2

案例六:  包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置,如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置,以及overlap的长度;如果和B文件中染色体位置都没有overlap,则用'. -1-1'补齐文件
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 20
chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wao
chr1 10 20 chr1 15 20 5
chr1 10 20 chr1 18 25 2
chr1 30 40 . -1 -1

案例七:  包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置,输出在A文件中染色体位置和有多少B文件染色体位置与之有overlap.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 20
chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -c
chr1 10 20 2
chr1 30 40 0

案例八(常用):  包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置,输出在A文件中染色体位置和与B文件染色体位置至少有X%的overlap的记录。
$ cat A.bed
chr1 100 200
$ cat B.bed
chr1 130 201
chr1 180 220
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -f 0.50 -wa -wb  
chr1 100 200 chr1 130 201
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