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R中的热图和颜色

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licheng 发表于 2015-12-23 15:57:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
Posted by Cheng Li on Nov 15 ’13
生物学家非常喜欢彩色的数据图。如果用好了颜色,我们可以更好地总结或显示数据,或从数据中发现新现象和规律。不幸的是R中提供了太多的颜色梯度函数,比 如红绿的热图让红绿色弱的人(比如我)看起来非常眼晕,而不同的颜色梯度对观众都是不必要的读图时的新学习。所以我提倡我们尽量用简单、一致的颜色梯度, 熟悉使用和读这样的梯度后会方便实验室项目交流。比如用蓝-白-红的颜色梯度表示包括负数、接近0、正数的数据热图(见附件),如果都是正数就只用红-白 或蓝-白梯度(白色代表接近0的值),用颜色时也要同时画出颜色梯度(color scale)。数据点的颜色和大小都可以作为第三维度在二维图中表示。

Nature Methods: 画图如何使用颜色

R中的相关函数:(在R中用example(image)看例子)
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/grDevices/html/palettes.html
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/graphics/html/image.html

用R画热图
http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/r/heatmap…
- 附件PDF是更多关于R中颜色和热图的解说。

在R或Bioconductor中使用蓝-白-红的颜色梯度
https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2003-September/002401.html
http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_rdfile?f=geneplotter/man/GetColor.Rd&d=R_BC
http://stackoverflow.com/questions/17860120/drawing-heatmap-with-dendrogram… (产生附件热图的代码)

dChip软件中的例子
http://www.hsph.harvard.edu/cli/complab/dchip/clustering.htm#clustering_ima…
http://www.hsph.harvard.edu/cli/complab/dchip/copy.htm

用半透明方式更好地显示高密度散点图:
http://www.statmethods.net/graphs/scatterplot.html (High Density Scatterplots)
http://stackoverflow.com/questions/7714677/r-scatterplot-with-too-many-poin…

其他
- 在一起用时看起来舒服的颜色组合:http://www.colorcombos.com/
- 用热图显示相关性矩阵:http://www.statmethods.net/advgraphs/correlograms.html



聚类热图

聚类热图

UsingColorInR.pdf

734.47 KB, 下载次数: 282

Creating heatmaps using package Heatplus.pdf

426.31 KB, 下载次数: 210

Rcolorstyle.pdf

675.58 KB, 下载次数: 219

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