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对照实验和分析

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licheng 发表于 2016-6-16 14:49:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
【Cheng,2014.3】高歌组的任立晨谈到好的湿实验习惯时强调,每一步都要做对照,这样实验做不出来时就知道问题出在哪一步。他是邓宏魁老师以前的学生,回忆邓老师每次组会时把“Control”写在黑板上,追问“对照在哪里?”

生物实验中的对照实验,目的是帮助证明不同现象之间的因果关系。比如条件A时得到现象B(A是B的充分条件),但没有条件A时得不到现象B(A是B的必要条件),那么A和B是充要条件的关系。(2016.6)

对照分析的例子

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生物信息对照分析

在生物信息分析时,对照分析也同样重要,是帮助我们严谨论证的利器。下面是一个例子。我们通过分析多个细胞系,看到我们感兴趣的一个通路A在用药前mRNA的表达高低和一种抑制EGFR的药 物的有效性(IC50值)有很强的相关性(观测现象)。这是否说明有可能通路A的表达高低影响药物的有效性?(原假说,由相关性推出因果关系的可能)这个可能性的大小决定我们会不会做实验验证这个假说。

有没有其他的 可能性(竞争假说)也能解释上面观测到的现象?因为EGFR是促进细胞生长的通路,许多和生长相关的通路都可能和这个药物的IC50值相关。如果是这样, 我们上面的观测就没那么突出或显著。怎样排除这个竞争假说?我们可以将多个癌症通路都和这个药物的IC50值做相关性分析,看看是否也很容易得到接近通路 A的相关性值。如果是,那么竞争假说是更可能的;如果不是,那么我们倾向于保留原假说。这里分析多个通路是对照分析的例子。

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