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关于细胞系药物敏感性数据集CCLE和GDSC一致性的争论

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licheng 发表于 2016-6-16 11:07:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27193678
Nature. 2016 May 18;533(7603):333-7. doi: 10.1038/nature17987.
Reproducible pharmacogenomic profiling of cancer cell line panels.
第三方组用独立数据支持一致性,但提出实验和分析规范的建议

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26570998
Nature. 2015 Dec 3;528(7580):84-7. doi: 10.1038/nature15736. Epub 2015 Nov 16.
Pharmacogenomic agreement between two cancer cell line data sets.
数据集作者回复说数据有一致性,Quackenbush和同事不认同分析方法:
Screenshot_2016-06-16-10-52-47.png
Screenshot_2016-06-16-10-53-16.png

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24284626
Nature. 2013 Dec 19;504(7480):389-93. doi: 10.1038/nature12831. Epub 2013 Nov 27.
Inconsistency in large pharmacogenomic studies.
Quackenbush和同事质疑两个数据集一致性的文章

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22460902
Nature. 2012 Mar 28;483(7391):570-5. doi: 10.1038/nature11005.
Systematic identification of genomic markers of drug sensitivity in cancer cells.
GDSC数据集

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22460905
Nature. 2012 Mar 28;483(7391):603-7. doi: 10.1038/nature11003.
The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity.
CCLE数据集
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