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基因功能富集分析的背景基因选择

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licheng 发表于 2016-6-2 17:29:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
【Cheng,2012.4】

分析功能基因组的数据时,我们经常会得到一个人类基因列表,比如在正常和癌症细胞里有差异表达的基因。一个个看这些基因的已知功能的描述太繁琐,也不容易看出规律。一个常用的方法是Gene Ontology的富集分析(比如http://david.abcc.ncifcrf.gov/)。许多基因的功能可以用一些规范的关键词表来描述,这个分析方法就能找出我的基因列表中富集的功能关键词。

下面两种分析方法你认为那个更合理呢:

1)这还用问吗?直接提交我的基因列表,这个网站会用所有人类基因作为比较的背景,使用超几何分布来找出显著富集的功能关键词。这些功能就可能是和我在研究的癌症相关的。许多论文不是这么做的吗?

2)真是这样吗?假如我的数据是关于脑的癌症,因为任何有差异表达的基因首先必须是在脑细胞中表达的,即使我的基因列表和癌症没有关系(比如随机从在脑细胞中表达的基因中选取一个子集),它也会富集一些功能关键词(比如和脑功能相关的)。所以,要在富集分析的网站上同时提交一个脑细胞中表达的基因列表。不信,你来分析一下样本数据?
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