北京大学生物信息平台论坛

 找回密码
 立即注册
搜索
热搜: 通知 活动

不同数据库的基因ID转换

[复制链接]
litingting 发表于 2016-5-17 19:31:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
不同数据库中基因的检索ID都不同,如何在不同数据库中准确快速的完成这些基因ID的转换是大家经常要面临的一个问题。
这里根据个人经验给大家推荐三个解决方案。
方案一,HGNC数据库:
相关链接:http://www.genenames.org/cgi-bin/statistics
HGNC(database of human gene names)里提供官方认可的基因名和各个数据库之间的基因ID的对应关系。

方案二,Homo.sapiens R包:
经bioconductor安装此包,包括两个内置注释内容包:
TxDd.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,此包包含hg19基因组的基因,转录本,外显子等的注释信息,为GRanges格式。
org.Hs.eg.db :此包包含从entrez ID 其他各个常用数据库的基因ID的对应关系。
五星推荐,谁用谁知道。

方案三,bioMart 包:
此包内容非常详尽充实,但与上两者相比,需要连接国际网。

具体的R代码见附件。

gene.symbol.html.zip

200.44 KB, 下载次数: 439

gene_id_conversion

回复

使用道具 举报

北京大学生物信息平台论坛

GMT+8, 2017-9-24 18:29 , Processed in 0.088372 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表