北京大学生物信息平台论坛

 找回密码
 立即注册
搜索
热搜: 通知 活动

ChIP-seq数据详细分析步骤和问题

[复制链接]
yongpeng 发表于 2016-4-14 15:40:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yongpeng 于 2016-4-14 16:28 编辑

先介绍一下自己的ChIP-seq数据详细分析步骤, 再向大家请教一些问题。
CHIP-seq-YP-5a1.png
CHIP-seq-YP-5b1.png
                                             
问题:                              
1. 分析过程中有什么需要注意的细节问题么?
2. 检测出Duplicate reads太多(比如50%), 怎么办?
3. 差异peaks怎样定义最好?
4. 在两种条件下,已经知道Genome-wide level of TFs or Histone modifications 的差异非常大的时候,怎样normalize?

谢谢!


References:

https://github.com/CTLife/2ndGS_Pipelines   (上述流程的实现)

Landt, Stephen G., et al. "ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia." Genome research, 22.9 (2012): 1813-1831.                     

Shin, Hyunjin, et al. "Computational methodology for ChIP-seq analysis." Quantitative biology, 1.1 (2013): 54-70.                                          
 
Bailey, Timothy, et al. "Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data." PLoS Comput Biol, 9.11 (2013): e1003326.                                                                                                     

Nakato, Ryuichiro, and Katsuhiko Shirahige. "Recent advances in ChIP-seq analysis: from quality management to whole-genome annotation." Briefings in Bioinformatics, (2016): bbw023.
 

回复

使用道具 举报

北京大学生物信息平台论坛

GMT+8, 2017-11-20 00:02 , Processed in 0.090238 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表