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【转发】一个从计算机转入生物信息的犹太人

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licheng 发表于 2016-3-23 22:19:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/32012081_0_1.html

发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标  题: 一个从CS跳入生物信息大坑的猥琐男。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 20 04:10:05 2016, 美东)

生物是个大坑,已经被讨论了好久了。因为和生物沾边, 生物信息也是一个坑,也被
讨论了一段时间了。但是总有人不听劝告,不断跳进来,今天我就写一个悲催的生物猥
琐男的故事,告诫后人。。。

Itai Yanai,以色列人。他本科在波士顿大学读Computer Engineering,应该是1993年
入学,在当时和现在都是很有前途的专业吧。Itai本科时候不老实,爱读闲书,一不小
心读了Richard Dawkins的The selfish gene,从此开始了悲催的一生。。。读完这本
自私的基因,Itai觉得生物是多么奇妙,就毅然决然的转行做生物了,Never went
back。在拿到computer engineering学士和Philosophy of Science学士以后,Itai考
虑到自己懂点计算机和编程,放弃了作为一名伟大的编程员大好前程,在波士顿大学读
了生物信息学博士,度过了接下来的极其苦闷的五年。。。(他说那几年做生物很不顺
利,尤其是对于他这种没有任何生物背景的人。但是我看他PhD期间文章还有六七篇,
都是不错的杂志。)不管怎么样,他已经中毒很深,不可能回去了。。。

毕业之后,Itai在以色列和哈佛一共做了四年博后,然后在2008年回到了以色列做了PI
。那时候他已经开始从纯生物信息结合发育生物学来开展课题。他选择了相对简单的线
虫作为模型,其中一个主要的原因是线虫所有的细胞lineage都是固定的。Itai本人是
John Sulston的big fan。随着二代测序技术的发展,他敏锐的抓住这个机会,开始做
转录组测序,并思考着怎么改进转录组的研究。尤其是考虑到线虫每个细胞从哪里来到
哪里去的问题都已经十分清楚了,如果能把单个细胞的转录组或者都能测出来,那有多
cool!但问题就在于灵敏度、成本等方面有好多问题还没有解决。

2012年对他来说是重要的一年。类比microarray的一些特点,他开发出了一套自己的单
细胞测序方法:CEL-seq (现在改进版的是CEL-seq2)。虽然只是发到了Cell Reports
,而且没有smart-seq等方法那么流行,这个方法还是有很多独特的优势:1.可以多至
48甚至96个样本做multiplexing,相对成本低;2.通过反转录来线性扩增,比PCR指数
性扩增bias更少;3.缺点同时也算一个优势吧,每个transcript只测3'端的35bp,所以
分析起来十分容易,但是缺少了全长和一些其它信息。它利用这个方法,开始了大规模
的各种测序:线虫单细胞转录组、线虫单胚胎转录组、time series、爪蟾单个胚胎发
育time series转录组测序、十种不同物种间单个胚胎发育time series转录组测序和进
化上的比较。。。越做越多,发了不少好文章,尤其是今年在nature上的一篇文章,第
一次把进化分隔很远的十个不同门类的动物胚胎发育阶段的转录组做了对比,找到了一
些保守的规律,并试图对分类学上“门”这个概念在分子生物学上寻找一些依据,让人
耳目一新,为今后从动物胚胎发育过程中的转录组比较研究,推开一扇门。

由于单细胞转录组的天然优势,这个方法还可以用来研究癌细胞。Itai对癌细胞的演化
、发展也很感兴趣。

Itai Yanai 2014年刚刚拿到tenure,升为副教授。同一年,他在哈佛拿到一个
fellowship,可以待在哈佛访问交流一年(有点类似于很多国内访问学者),做癌细胞
研究和一些自己喜欢的事情。他和他家人很喜欢波士顿,再次回到波士顿就不想离开了
。(这个也很类似很多国内的访问学者吧,不过比国内的很多访问学者还猥琐,老婆孩
子都接过来了。。。)fellowship结束后他们继续待在波士顿一年。(死活赖着不走,
一年项目结束了也不走。)Itai四处交流访问、做报告、写书、找学术合作、推广自己
的成果,同时也在面试和negotiation,尝试着能留在波士顿。可惜由于种种原因,他
没能留在波士顿,而是决定去一个稍差的地方,纽约。去纽约最主要的原因是,NYU
Langone医学院决定给他建一个全新的Institute让他领导!

但事情并不是一帆风顺,既然是自己领导的研究所,Itai原准备给这个研究所起名ICE-
Med: The Institute for Computational and Evolutionary Medicine。多酷!这是我
所知道的第一个把计算、进化(演化)和医学放在同一个名字里的研究所,很有想法和
创意。可惜最后不知道什么原因,NYU决定还是叫一个中规中矩的名字:Institute for
Computational Medicine at NYU Langone Medical Center。这是最近的新闻,Itai
Yanai将于2016年五月一号正式上任。

如果说薛定谔的《生命是什么》影响了一批物理学家跳入生物大坑,还把这个坑越挖越
大,同时极大促进了生物领域自身的发展,我觉得道金斯的《自私的基因》也有这个潜
力。至少Itai Yanai就是一个被成功洗脑的例子。CS背景的Itai中毒不浅,纵身跳入生
物的坑。。。这还不说,作为对道金斯的《自私的基因》的致敬,犹太人Itai和德国生
物信息学家Martin Lercher合写了一本书,叫做《The Society of Genes》,今年年初
刚刚通过哈佛出版社成功发行。这本书主要的想法是,现在的研究都表明,基因大都不
是单个起作用的,而是以一个个的网络来共同行使功能的,所以叫他们一个Society。
所以道金斯的概念过时了,不再是一个个自私的基因了,而是一整个自私自利的基因社
会,多可怕。我觉得叫自私的基因黑社会The Mafia of Selfish Genes会更吸引眼球。
可惜这本书我还没有读完,等读完了有机会写几句吧。这本书马上要被翻译为中文,翻
译事宜还在洽谈中。没有耐心读英文的同学可以耐心的等中文出版后捧场和挑错。

回过来看他成功的历程,我觉得有很多地方值得学习。他的计算机背景强,所以分析数
据很有优势;他选材和设计实验也总是想着从简单方面入手,试着归纳出简单但又有影
响的生物规律;虽然他开始的生物背景很弱,做实验也做得很不顺,但是他思想开放,
很愿意与他人交流分享合作,分享自己的成果同时从他人那里汲取知识和营养,共同发
展进步;他结交了各个领域的很多朋友,给seminar时候总是特别有热情和感染力。。
。他是我见过的唯一一个,在seminar之后和系里学生吃午饭时,记下了在座的每个人
的邮箱,说有“作业”要布置给大家,欢迎大家以后和他交流的professor。。。他最
后给大家的“作业”是这样的:

Hi everyone,

It was a pleasure to meet you all earlier this week. Thank you to Lilly for
sending me your email addresses and to Lingyu for organizing my visit!Did
you get a chance to watch the TED talk I recommended?

Here is the link:

http://goo.gl/9Qc4I3
(mitbbs长链接断行之后就不work了,这里放个短链接吧)

Another one you might find inspiring is this one by Uri Alon:
https://goo.gl/AiWtsq
(同样是Ted视频短链接)

I wish you all a good semester and do feel free to contact me with any
comments/questions.

With best wishes,

Itai

Itai Yanai是个很忙的猥琐男,每天白天都在做学术交流,满脑子只有学术,晚上娃睡
了才有时间回邮件。但他很重视家庭。他有三个孩子,每天都要争取和家人一起吃晚饭
。他很爱三个孩子,很为他们感到骄傲。Itai爱好挺多,他给《The Society of Genes
》写了一首歌,自弹吉他自唱,YouTube上有视频。文末还想说一点,之前在其它帖子
里也提到过。我是在Broad Institute认识的Itai Yanai,他当时在那里访问交流。

Itai今天的成功,还和他们犹太人之间一直以来的相互支持是分不开的。我去了这个最
顶尖的基因组研究所之后,才发现,这里犹太人的密度竟是如此之高,很多人直接就用
希伯来语交流(所以我觉得国人之间说汉语也很正常嘛)。在Broad Institute,Eric
Lander是美国籍犹太人,Aviv Regev是以色列来美国的科学家,是Eric Lander在Broad
最支持的两个PI之一(另一个就是张锋)。Regev lab也是Broad Institute最大的实验
室,一百来号人。他们每年都有好多以色列来的学者进行学术交流访问(类似于国内的
访问学者),实验室里专门有几个连在一起的办公室,叫做Hotel,就是给这些短期的
访问学者用的。每年Broad还和以色列搞一个学术Retreat,我没有去过,但是听说挺盛
重的,很多以色列的牛人来访问。(中国的访问学者也有很厉害的,美国的同胞们不要
瞧不起他们。他们回国后还可以合作一起申请国家经费,合作共赢,为以后在国内
发展建立了良好的开始,真不错。)Itai在哈佛的交流结束后,好像一直待在Broad
Institute,直到找到工作。

所以很多时候同胞的互相支持很重要。(这也是我一直以来帮助同胞以及近期积极帮同
胞找工作的一个原因。)当然这也很不容易,一些实质上的支持和帮助,包括
networking,都挺需要时间上投入的,但很多时候是很值得的。学术上的交流也是,教
学相长。我对测序数据分析的一些细节的深刻理解,很多都是在帮别人和教别人的过程
中学会的。再往大了扯一扯,宏观的生态系统尺度和进化尺度的mutualism、微观的个
体水平和细胞水平的symbiosis、以及人和动物的社会行为及经济行为中合作等
mutualism,都是各个层次Evolution的重要驱动力。

不同的体系,相同的概念,生物真是一个奇妙的东东。

最后需要注明一条:生物有风险,跳坑需谨慎。别人的成功无法复制,请走自己的路,
让别人去说吧。。。



发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标  题: Re: 一个从CS跳入生物信息大坑的猥琐男。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 20 17:59:16 2016, 美东)

我要是有那么大的能量影响那么多年轻人就好了。其实我影响身边的人“转行”的更多
一些,包括我自己也是个自学之后“转行”的。

关于“关系”这个东西,你说的真对。出国之前太Naive,听说美国不需要搞关系。这
么多年才发现,美国是不搞关系,美国人叫那个东西叫connection,叫network。。。
没有connection,没有network,除非有特别的才干和机遇,否则默认情况下很多人都
只有做着辛苦的工作的份却拿着卑微的工资(虽然已经比中位数水平高,但是工作付出
太大)。

真正的牛人到其它领域也容易成为牛人。牛人的工作能力、社交能力、眼界、性格、互
相帮助等等都得出色,否则换了领域也是悲催的命。connection、network也只是成功
的众多因素之一。我觉得对于很多悲催的做生物男女,包括很多做其它悲催学科的(某
些化学、物理等等),更重要不是简单的换一个专业和方向,而是真真正正培养一些能
够促进成功的素质,专业素质、交流和合作的素质。而这些东西,不在PhD cheap
labor培训大纲里,很多人都是靠自己或者小圈子里的一群人互相摸索才获得的。加上
先天的语言文化障碍,得来不易。其实很多专业都有不少有前途的方向、领域、机会,
成为行业大牛很难;但要想取得一些还不错的成就,在收入和生活质量上提高一两个档
次,对于大多数这么聪明能干的中国人其实不难的。毕竟转行到CS也不是追求要做到CS
领域比尔盖茨、扎克伯格。

再说身边一个例子,神经生物学PhD,毕业多年,博后在夏威夷做了几年,去年到我们
实验室做lab manager,待遇比博后高一些。她学术水平说实话挺差的,但是社交能力
很强,和大家相处挺好,但是就是不出活。一年后在我们实验室做不下去了,老板不和
她续约。她去医学院找工作,想转到偏医疗或者regulation方面,不想做Bench Work了
。拿到几个面试,凭借着出色的交流能力拿到一个医学院的职位。职责主要包括和病人
交流沟通,好像和一些临床试验有关我记不清楚了。还算是成功转行了吧,也和医疗结
合起来了。我问了一下工资,年薪五万,在迈阿密医学院。忘了说了,她是美国白人女
性。所以她真的转行成功了吗,我不知道,希望以后会有更好的发展吧。

不管转行的还是不转的,想做大科学家、做大事业的都是少数。只是这个bench work -
> faculty这条路人满为患,一路走来太辛苦。某些行业机会待遇可能更好一些,和生
物相关的好多非bench work的方向,也有不少不错的。认真找找,看准了努力一下,其
实很多人都能过得很好的。

我不宣扬不转行,只是想和大家交流交流。这年头,什么工作都不容易,人傻钱多的行
业越来越少。要努力、要人脉、要机遇、要眼光、也要互相帮助,而已。

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dongji521 发表于 2016-3-24 18:58:28 | 显示全部楼层
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