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基因列表数据库和分析方法

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licheng 发表于 2016-2-24 20:01:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
基因列表数据库
***MSigDB
http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb
13000个基因列表,包括生物通路、miRNA/转录因子靶基因、Gene ontology集合、癌症signature(差异表达基因)。最近推出的Hallmark基因列表是非冗余的精简集合。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26795250
Immunity. 2016 Jan 19;44(1):194-206.
Compendium of Immune Signatures Identifies Conserved and Species-Specific Biology in Response to Inflammation.

基因富集和GSEA分析
常规的差异表达下游分析思路是算出condition之间的差异表达,然后做Gene Ontology、通路、网络、TF靶基因的富集分析(GSEA/MSigDB)和做图

基因列表作为signature搜索

另一个思路可参考下面链接提到的CMAP和GEM-TREND网络数据库,它们收集了很多药物处理或两个condition比较的差异表达基因列表和fold change. 一个新的差异基因列表可以和数据库里的列表做比较,找出差异基因排序/fold change类似的列表。比如一个癌症中变化的差异基因列表,如果和一个药物处理的差异基因列表负相关,那这个药物可能可以治疗这种癌症(癌症中变高的基因可能被这个药物降低)。

如果我们对某个小分子处理后得到差异表达谱,用这种方法可能找出和这个小分子作用类似的药物、或被这个分子干扰的通路(后者类似常规分析,但多种分析方法可增加分析可靠性)。

http://bmcgenomics.biomedcentral ... 186/1471-2164-13-12

CMAP使用例子

胖纸的福音,哈佛大学新发现的减肥神药
IMG_20160810_234202.jpg

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